Selon le témoignage de Sun Myung Moon dans son autobiographie Ma vie au service de la paix, Jésus lui apparut alors qu'il priait, à l'âge de seize ans, et l'encouragea à poursuivre son œuvre pour l'accomplissement de la volonté de Dieu. Sun Myung Moon déclara avoir consacré les années suivantes à la prière, à l'étude de la Bible et à une profonde réflexion spirituelle. De cette démarche naquit progressivement un enseignement dont les premiers manuscrits furent rédigés à partir de 1945. Développés au fil des années, ils seront ensuite publiés sous le titre de Principe Divin, qui constitue le fondement doctrinal du mouvement de l'Unification.
Après avoir exercé son ministère en Corée du Nord à la fin de la Seconde Guerre mondiale, Sun Myung Moon fut emprisonné par le régime communiste en 1946. Libéré lors de l'avancée des forces des Nations Unies pendant la guerre de Corée, il se réfugia à Pusan où il commença à rassembler ses premiers disciples.
Le 1er mai 1954, il fonda à Séoul l'Association du Saint-Esprit pour l'unification du christianisme mondial (AESUCM). Cette organisation, communément appelée par la suite « Église de l'Unification », adoptera progressivement à partir des années 1990 l'appellation de Fédération des Familles pour la Paix Mondiale et l'Unification (FFWPU), afin de refléter l'élargissement de ses activités et de sa mission. Cette première AESUCM avait pour objectif déclaré de promouvoir le renouveau spirituel et l'unité entre les différentes confessions chrétiennes. Son développement fut rapide en Corée du Sud avant de s'étendre progressivement à l'étranger. Dès le milieu des années 1950, des missionnaires furent envoyés au Japon, puis en Europe et en Amérique.
Le mariage de Sun Myung Moon et de Hak Ja Han, célébré en 1960, marqua une étape importante dans le développement du mouvement. Dès lors, le couple mena conjointement son expansion internationale et devinrent les principales figures publiques de ses activités religieuses ainsi que de ses initiatives en faveur de la paix.
Installé aux États-Unis à partir de 1971, Sun Myung Moon entreprit de nombreuses tournées de conférences qui contribuèrent à faire connaître le mouvement à l'échelle internationale. Au cours des années 1970 et 1980, celui-ci poursuivit son implantation dans plusieurs dizaines de pays.
Comme d'autres nouveaux mouvements religieux de cette période, l'Église de l'Unification suscita un important intérêt public. Son activité missionnaire, ses programmes éducatifs et ses cérémonies de mariage collectif, appelées « Bénédictions », lui apportèrent une forte visibilité tout en faisant l'objet de nombreuses études universitaires et de débats dans les médias.
À partir des années 1990, Sun Myung Moon et Hak Ja Han développèrent plus particulièrement leurs initiatives en faveur de la famille, du dialogue interreligieux et de la coopération internationale. Cette évolution conduisit à la création de la Fédération des Familles pour la Paix Mondiale et l'Unification (FFWPU), inaugurée en 1996, qui devint progressivement la principale organisation représentant le mouvement.
Depuis lors, la Fédération développe dans de nombreux pays des activités éducatives, culturelles, humanitaires et interreligieuses, tout en poursuivant la diffusion de son enseignement spirituel. Après le décès de Sun Myung Moon en 2012, Hak Ja Han Moon poursuivit le développement international du mouvement.
Depuis la fin de l'année 2025, Hak Ja Han Moon est impliquée dans une procédure judiciaire en Corée du Sud, dans un contexte marqué par plusieurs enquêtes et procédures visant diverses personnalités religieuses et conservatrices après l'arrivée au pouvoir du président Lee Jae-myung. En juillet 2026, le ministère public a requis une lourde peine d'emprisonnement. Au moment de la rédaction de cette présentation, la décision de la cour est attendue le 31 juillet 2026. L'issue de cette procédure est susceptible d'avoir des conséquences importantes sur l'avenir du mouvement. Hak Ja Han Moon avait toutefois déjà engagé une réorganisation de sa gouvernance fondée sur une direction collégiale afin d'en assurer la continuité. Cette procédure suscite une vive émotion parmi les membres du mouvement et son réseau international d'Ambassadeurs de Paix, qui la considèrent comme profondément injuste.